В 1864 создаётся Виленское пехотное юнкерское училище. В 1915 году, во время первой мировой войны, училище было переброшено в Полтаву и официально прекратило своё существование 2 января 1918 года.

Виленское пехотное училище было сформировано в Вильнюсе на основании приказа наркома обороны СССР С. К. Тимошенко № 0191 от 17 августа 1940 г. на базе Литовского юнкерского училища.
Вильнюсское Радиотехническое Училище было создано директивой Министра обороны Союза ССР от 3 февраля 1953 года и директивой командующего Войсками противовоздушной обороны от 6 февраля 1953 года.

В соответствии с приказом Министра обороны СССР и директивой Генерального штаба Вооруженных Сил от 9 июня 1971 года Вильнюсское радиотехническое училище войск ПВО было преобразовано в Вильнюсское высшее командное училище радиоэлектроники ПВО.
В 1992 году Приказом Главкома ВС СНГ № 70 от 21 февраля 1992 года создано Санкт-Петербургское высшее училище радиоэлектроники ПВО путём перевода Вильнюсского высшего командного училища радиоэлектроники противовоздушной обороны на базу ЛВВПУ ПВО им Ю. А. Андропова, в соответствие с этим ВВКУРЭ ПВО было выведено с территории Литовской Республики в Санкт-Петербург.
1 ноября 1998 года согласно программе реформирования училище переименовано в Филиал Военного университета противовоздушной обороны.
В 1999 году в училище прибыла учебно-материальная часть расформированного КВКУРЭ ПВО а также 800 курсантов.
1 января 2005 года переименовано в Санкт Петербургское высшее военное училище радиоэлектроники (военный институт).
1 марта 2010 года Филиал Военного Учебно Научного Центра ВВС г. Санкт Петербург.
Согласно военной реформе с 2009 года набор в вуз сокращен и произведён 1 первый набор девушек. С 1 марта 2010 является филиалом ВУНЦ ВВС.
1 сентября 2011 года данный вуз прекращает свое существование,личный состав переведен на базу ЯВЗРУ ПВО.
1 сентября 2011 года данный вуз прекращает свое существование,личный состав переведен на базу ЯВЗРУ ПВО.